La diffusion fulgurante du variant Delta hautement infectieux souligne le besoin d'une identification plus rapide des mutations de la COVID-19. En réunissant les pouvoirs publics et le milieu médical pour relever ensemble ce défi, l'Université d'Oxford et Oracle ont conçu le Système Mondial d'Analyse des Pathogènes (GPAS – Global Pathogen Analysis System) désormais utilisé par de nombreuses organisations sur quasiment tous les continents : le Centre de Recherche Hospitalière de l'Université de Montréal, l'Institut de Recherche en Santé Publique du Chili, l'Unité de Recherche Clinique de l'Université d'Oxford basée au Vietnam, l'Institut de Pathologie Clinique et de Recherche Médicale de Nouvelle-Galles du Sud, et Oxford Nanopore Technologies. GPAS fait désormais également partie de la nouvelle Plateforme d'Evaluation des Variants de Santé Publique Angleterre.

Le Système Mondial d'Analyse des Pathogènes est fourni gratuitement pour contribuer à la lutte contre la COVID-19 et d'autres menaces microbiologiques pour la santé publique.

Construit à partir de la plateforme évolutive de suivi des pathogènes d'Oxford (SP3 – Scalable Pathogen Pipeline Platform), d'Oracle APEX et d'Oracle Cloud Infrastructure (OCI), le Système Mondial d'Analyse des Pathogènes est une plateforme cloud constituant un système unifié et standardisé d'analyse et de comparaison des données de séquençage génomique annotées du SARS-CoV-2. Les chercheurs utilisent ce système pour transférer les données des pathogènes, ils reçoivent ensuite leurs résultats en quelques minutes. Si l'utilisateur l'autorise, les résultats peuvent être partagés avec les laboratoires participants dans le monde entier, dans un environnement sécurisé. En rendant ces données compréhensibles et partageables, on aide les autorités de santé publique à évaluer la situation et à préparer leur réponse en s'appuyant sur une analyse extrêmement précieuse des variants émergents, avant même qu'ils soient officiellement désignés comme variants préoccupants.

«GPAS est le premier service mondial basé sur les standards et permettant à tous les utilisateurs du cloud d'analyser de façon standardisée les données de séquençage», déclare Derrick Crook, professeur de microbiologie au sein du Département de Médecine de Nuffield de l'Université d'Oxford. «Les utilisateurs pourront consulter, télécharger et traiter leurs données de séquençage tout en conservant totalement le contrôle et la souveraineté de ces données, dont l'analyse complète leur est retournée une vingtaine de minutes seulement après téléchargement complet. S'ils choisissent de partager ces données, ils contribueront aux tableaux de bord électroniques de visualisation des données mondiales révélant les évolutions quotidiennes de la progression de la pandémie et de l'évolution du virus. Cette solution permet ainsi d'évaluer la pandémie en permanence et d'orienter plus facilement les interventions nationales et mondiales visant à réduire l'impact du virus.»

«La lutte contre la COVID-19 est mondiale, mais les chercheurs ne disposaient pas de l'infrastructure technique nécessaire pour traiter les données de séquençage de façon rapide et sécurisée, puis pour partager ces résultats dans le monde entier», explique Larry Ellison, Chairman & CTO d'Oracle. «Avec GPAS, nous mobilisons toute la puissance et la sécurité du cloud afin que chaque chercheur puisse prendre part à cette lutte, où qu'il soit dans le monde. Plus les établissements médicaux, les gouvernements et les universités fourniront de données, plus nous pourrons comprendre rapidement le coronavirus pour le combattre efficacement.»

Avec cette plateforme, les chercheurs et les gouvernements pourront accéder rapidement aux données pertinentes dont ils ont besoin pour effectuer des analyses scientifiques basées sur les données les plus récentes, et prendre des décisions politiques et sanitaires concernant les nouveaux variants en s'appuyant sur des informations objectives. Dans le cadre de leur travail avec le Consortium pour la Sécurité Sanitaire Mondiale (GHSC), l'Institut Lawrence J. Ellison pour la Médecine Transformatrice (Ellison Institute) et l'Institut Tony Blair pour le Changement Mondial (TBI) ont collaboré avec Oxford et Oracle pour accompagner le développement de la plateforme et la mettre à la disposition des chercheurs du monde entier.

«Le manque de préparation du monde face à la pandémie de COVID-19 a cruellement souligné la nécessité de travailler différemment pour identifier des solutions pragmatiques et adaptables à toutes les échelles pour relever de tels défis», déclare le Dr. David B. Agus, membre du GHSC et CEO de l'Ellison Institute. «GPAS constitue un composant clé de l'infrastructure de données mondiale pour les systèmes d'alerte anticipée et la surveillance mondiale.»

«Nous savons trop bien que les virus ne respectent pas les frontières. C'est pourquoi notre approche doit être mondiale et coordonnée pour réussir à maîtriser cette pandémie», déclare Tony Blair, Président Exécutif de TBI et ancien Premier Ministre du Royaume-Uni. «Cette plateforme permettra de rassembler les données bien plus rapidement pour nous aider à mieux comprendre et anticiper les modalités de propagation du virus, afin que les gouvernements puissent prendre de meilleures décisions politiques et maîtriser l'impact dévastateur qu'a encore ce virus dans leur pays et à travers le monde.»